因烟草税收分配机制和烟草计划管理体制的交织,造成烟草产业的诸多弊端。
地方保护主义严重,国家专卖被异化。由于卷烟消费税在生产环节征收,因此地方政府的财政收入与地方卷烟产量直接挂钩。地方政府必然采取各种行政手段为其争取更大的市场份额,产生地方保护,其常见的行为有:依靠行政手段封锁外省卷烟进入本省销售,从而为省产烟的销售腾出更大的市场,如采取行政命令、通知等方式,禁止卷烟经营者购入外省卷烟,不得携带超过规定数量的外省卷烟人省。通过对本省烟草商业企业施加压力,多定购本省卷烟。工商分家后,由于省级烟草专卖局(公司)和省级中烟工业公司成为两个法人,相互独立经营,自负盈亏,前者失去了对后者的保护动力。但工商分家并未彻底断开省级烟草专卖局(公司)与省级地方政府的行政管理关系。省级烟草专卖局(公司)是中央企业,受国家烟草专卖局和地方政府的双重管理,尽管以国家烟草专卖局管理为主,但其仍然无法漠视当地省政府的指示和要求。
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